Universitas Atma Jaya Memiliki 4 Fakultas dan 9 Program Studi yang terdiri dari:

Fakultas Ekonomi :

Program Studi Akuntansi
Program Studi Manajemen

Fakultas Teknik :

Program Studi Teknik Elektro
Program Studi Teknik Mesin
Program Studi Teknik Sipil
Program Studi Teknik Informatika

Fakultas Hukum :

Program Studi Ilmu Hukum

Fakultas Hukum :

Program Studi Ilmu Hukum

Fakultas Hukum :

Program Studi Teknologi Industri Pertanian
Program Studi Sosiologi Pertanian