Universitas Atma Jaya Memiliki 4 Fakultas dan 8 Program Studi yang terdiri dari:
- Fakultas Ekonomi:
- Program Studi Akuntansi
- Program Studi Manajemen
- Fakultas Hukum:
- Program Studi Ilmu Hukum
- Fakultas Teknik:
- Program Studi Teknik Elektro
- Program Studi Teknik Mesin
- Program Studi Teknik Sipil
- Fakultas Teknologi Informasi:
- Program Studi Teknik Informatika
- Program Studi Sistem Informasi