Universitas Atma Jaya Memiliki 4 Fakultas dan 8 Program Studi yang terdiri dari:

1. Fakultas Ekonomi:
   • Program Studi Akuntansi
   • Program Studi Manajemen


2. Fakultas Hukum:
   • Program Studi Ilmu Hukum


3. Fakultas Teknik:
   • Program Studi Teknik Elektro
   • Program Studi Teknik Mesin
   • Program Studi Teknik Sipil


4. Fakultas Teknologi Informasi:
   • Program Studi Teknik Informatika
   • Program Studi Sistem Informasi