Universitas Atma Jaya Memiliki 5 Fakultas dan 9 Program Studi Sarjana dan 1 Program Studi Magister yang terdiri dari:

1. Fakultas Ekonomi
   • Program Studi Akuntansi
   • Program Studi Manajemen
2. Fakultas Hukum
   • Program Studi Ilmu Hukum
3. Fakultas Teknik
   • Program Studi Teknik Elektro
   • Program Studi Teknik Mesin
   • Program Studi Teknik Sipil
4. Fakultas Teknologi Informasi
   • Program Studi Teknik Informatika
   • Program Studi Sistem Informasi
5. Fakultas Psikologi
   • Program Studi Psikologi
6. Pascasarjana
   • Program Studi Magister Akuntansi