Universitas Atma Jaya Memiliki 4 Fakultas dan 8 Program Studi yang terdiri dari:

1. Fakultas Ekonomi
   • Program Studi Akuntansi
   • Program Studi Manajemen
2. Fakultas Hukum
   • Program Studi Ilmu Hukum
3. Fakultas Teknik
   • Program Studi Teknik Elektro
   • Program Studi Teknik Mesin
   • Program Studi Teknik Sipil
4. Fakultas Teknologi Informasi
   • Program Studi Teknik Informatika
   • Program Studi Sistem Informasi