Dalam mendukung kegiatan ekstrakulikuler yang diadakan mahasiswa, Universitas Atma Jaya Makassar menyediakan beberapa macam organisasi. Organisasi yang dibentuk tersebut terdiri atas beberapa jenis, yaitu organisasi kemahasiswaan dan Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM). Organisasi kemahasiswaan yang ada terbagi atas 4 jenis, yaitu:

1. DPMU (Dewan Perwakilan Mahasiswa Universitas).
2. BEMU (Badan Eksekutif Mahasiswa Universitas).
3. DPMF (Dewan Perwakilan Mahasiswa Fakultas).
4. BEMF (Badan Eksekutif Mahasiswa Fakultas).

DPMF dan BEMF terdiri atas beberapa macam, sesuai dengan jumlah fakultas yang ada. 

UKM pada Universitas Atma Jaya Makassar terdiri atas:

• UKM Basket
• UKM Paduan Suara
• UKM Drama / TABU
• UKM Bulu Tangkis
• UKM Tae Kwondo
• UKM Mapala ( Mahasiswa Pecinta Alam )
• UKM Sepak Bola
• UKM Band
• UKM Radio